Hallo Raketenwilli,
kann das Problem bei passthru und fpassthru sein, dass PHP gerade bei einem länger laufenden externen Programm denkt, dass keine Ausgabe mehr käme und annimmt, dass das Programm zu Ende sei?
passthru wartet laut Doc auf einen Exit-Code...
Also sollte es nicht abbrechen - es sei denn, PHP bricht ab.