Hallo,
nur eine Idee, allerdings mit Javascript und nicht ausprobiert:
du könntest mit dem Intersection Observer prüfen, ob der Verweis auf die Fußnote sichtbar ist, und dann die Fußnote einblenden.
Gruß
Jürgen
PS Auf dieser Seite markiere ich so den Link auf den gerade sichtbaren Abschnitt. Dazu muss allerdings das Browserfenster breit genug sein.