Aktualisieren der Seite immer ein Nachladen des Fake-Select-Elements bemerke. Das heißt, das eigentliche Select-Element ist kurz zu sehen, verschwindet dann in Sekundenbruchteilen wieder und das Ersatz-Element erscheint.
Mach es einfach via Stylesheet unsichtbar und erst nach dem Umfummeln des DOM - mit JS und via Stylesheet (z.B. Gruppenzugehörigkeit) - wieder sichtbar. Nicht vergessen: Platz reservieren.