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Hm. Ist Dir bekannt, dass jede Datei „.htaccess“ auf dem Weg zu dem Verzeichnis beachtet wird? Hast Du vielleicht eine herumliegen, von welcher Du denkst, die würde nicht beachtet?
https://httpd.apache.org/docs/2.4/howto/htaccess.html#when sagt:
Further note that httpd must look for .htaccess files in all higher-level directories, in order to have a full complement of directives that it must apply. (See section on how directives are applied.) Thus, if a file is requested out of a directory /www/htdocs/example, httpd must look for the following files:
/.htaccess /www/.htaccess /www/htdocs/.htaccess /www/htdocs/example/.htaccess
Beachte also: Es werden sogar Dateien außerhalb (oberhalb) des Document-Root ausgewertet!