Hallo,
das liegt daran, das Applets im Broser anders realisiert werden und dadurch immer ganz oben liegen, egal welche Ebene sie bekommen.
So weit ich weiss läuft das in allen Browsern so, bis auf einige ganz neue die haben das Problem nicht (glaube IE6 kann es).
Die einzige Lösung wäre, wenn Du weisst das beim dritten aufklappen des Menüs das Applet stört, das Du beim aufklappen des Menüs das Applet über CSS ausblendest (mit visibility=...) und es beim zuklappen wieder einblendest.
Mike