Hallihallo!
Daß Deine Submenüs abgehackt werden, hat nichts mit dem z-index zu tun. Das liegt einfach daran, daß jedes Frame vom Browser wie ein völlig eigenständiges Fenster behandelt wird. Und es ist leider nicht möglich, eine Ausgabe über zwei Fenster zu legen...
Aber man kann trotzdem etwas tun:
Es ist möglich, von einem Frame aus Objekte in einem anderen Frame zu steuern. Man kann also die "Auslöser" in einem kleinen Frame unterbringen, und sie steuern dann die Untermenüs im Nachbarframe...
Unter http://www.ewetel.net/~tobias.hahner/schnippsel/framemenu/index.html kannst Du Dir ja mal ansehen, wie ich das meine.
Ich hoffe, damit konnte ich Dir helfen...
Viele liebe Grüße,
Der Dicki