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Hi!
Wenn das so ist hast Du 2 Möglichkeiten.
Entweder Du automatisierst das von Deinem Computer aus, mit den Kommandozeilentools at(Zeitsteuerung) und ftp (wie der Name schon sagt), dann kannst Du mit einem batch-Script täglich, oder wann auch immer automatisch die bat Datei ausfühen, in der lädst Du über einen Kommandozeilenaufruf(ftp) die Datei runter, übergibst die an Dein tool, und lädst die Ausgabe wieder hoch.
2., sauberere Möglichkeit, Du machst das ganze serverseitig mit PHP.
Grüße
Andreas
PS: zu den genannten Tools steht einiges in der Windows-Hilfe!