Auf JavaScript will ich eigentlich ganz verzichten.
Wenn man damit die Seite aufwertet, warum nicht? Man sollte immer darauf achten, dass Navigation und Inhalte auch ohne JS zugänglich sind. Ansonsten sehe ich keine Nachteile. Bei einem Mehrwert-Element wie einer dynamischen Uhr kann evtl. Bedenken gegen JS nicht nachvollziehen. Wo ist das Problem? Nur wegen einer Uhr die Seite mit PHP zu reloaden ist Overkill. Denke mal an die steigene Serverlast, wenn meherer User online sind...
Gruß
Danny