100% identifizieren kann ich den Störenfried nicht
aber es fällt auf, dass du allen ...Haupt-Tabellen keine Höhe zuweist der Inhalt also ohne weiteres den Rahmen "sprengen" kann (und wird), weil die HTML Höhenangaben bei Tabellen nur die minimal-Höhe festlegen, ist der Inhalt größer (z.B. ein Bild) wird die Zelle auch größer...wenn man nicht lenkend eingreift (overflow oder divs mit höhe+overflow)
nimm dazu, dass IE das Box-Model, also die Größen diverser Elemente, nicht wirklich richtig realisiert
zum Testen empfehl ich dir, alle Tabellen + Zellen + Zeilen mit dem overflow:hidden Attribut zu versehen (und zur Sicherheit noch divs um die Tabellen mit demselben Attribut + Höhenangabe)
ausgehend von dem was bei windoof fehlt, weißt du wo der Höhenunterschied liegt