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Mit der erwähnten Bibliothek kannst Du auch einfach Punkte in ein Koordinatensystem zeichnen. Dabei müssen die Achsen gar nicht sichtbar sein. Eine Darstellung von Städten als Punkte auf einer Karte ist mathematisch betrachtet nichts anderes als eine Darstellung von x,y Paaren in einem Koordinatensystem.
Wenn Du die Umrisse von Deutschland hast und willst in diese Grafik die Punkte einzeichnen, wird es möglicherweise komplizierter. Aber möglich ist vielleicht, die Grafik als Hintergrund zu verwenden und das Diagramm transparent zu machen. Dann kannst Du ganz gewohnt die Punkte im Diagramm einzeichnen und es sieht dennoch nett aus.