Hallo Christoph,
Das ist ein bekannter Bug in SuSE Linux, der Deine Partitionstabelle zerschießt, wenn Du es installierst.
Es ist mir noch nie passiert, daß die SuSE oder irgendein anderes System die Partitionstabelle zerschossen hätte. Wenn ich die zerschossen habe, dann war ich es immer selber (mit fdisk). Ich habe mir SuSE 9.1 heute nachmittag auch komplett neu aufsetzen müssen, weil ich eine andere Platte genommen habe - Windows (XP) war schon drauf. GRUB war sofort ganz brav.
SuSE 9.1 hat das gleiche Problem wie Fedora Core 2; siehe auch http://portal.suse.com/sdb/de/2004/05/fhassel_windows_not_booting91.html (wobei hier der Lösungsvorschlag ein anderer ist, wie für Fedora Core 2; @ortenau-s-bahner: Probier mal die Anleitung auf der Seite, nachdem das mit sfdisk nicht so recht geklappt hat).
Viele Grüße,
Christian