Zu WsFtp9.0 speziell kann ich jetzt nichts sagen, weil ich noch WsFtp7pro verwende.
Dort zumindest gibt es diese Einstellung (zusätzlich) auch unter Server-Profile ->Starteinstellungen->Externe Dateimaske
Ich hab gelesen, dass man -la (steht für list all) eingeben muss, wenn man .htaccess etc sehen will und bei mir funktioniert es.
Im "site-command" sollte es dann auch gehen.
oder eben
Viel Erfolg!
Jo2A