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in photoshop wüsste ich eine möglichkeit, vielleicht geht das auch ähnlich in the gimp (ist freeware).
-du öffnest (einen teil) deiner dateien
-dann stellst du für das auswahl-tool eine feste größe ein (zb 1024x768)
-danach wählst du den bereich aus den du brauchst und cropst ihn
-anschließend kannst du eine aktion erstellen, die nur aus datei speichern besteht, und die kannst du dann mit "file>automate>batch" auf alle geöffneten dateien anwenden
das würde dann alles abdecken was du gesagt hast, wenn ich dich richtig verstanden hab...