<!--[if gte IE 6]>
<link href="style_ie.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<![endif]-->
Dieses Markup ist an sich korrekt.. wenn es auf deinem lokalen Server nicht klappt, ist das arg seltsam und kann eigentlich nur wenige Ursachen haben:
a) Dateiname ist falsch bzw. Datei nicht an richtiger Stelle vorhanden
b) Dein Server unterscheidet zwischen Groß- und Klein-Schreibung
Ich gehe davon aus, du nutzt einen Windows-Server (IE halt).. Apache Windows ist eigentlich nicht Case Sensitive.. trotzdem probier mal den Dateinamen auf Kleinbuchstaben zu ändern!
Warum nutzt du <!--[if gte IE 6]> ? Betrifft dein Problem nur IE 6 und höher? Nicht IE 5/5.5? An sich habe ich das Gefühl bisher gehabt, dass sich am IE 7 doch einiges geändert hat ich nutze fast nur <!--[if lt IE 7]> .