<!--[if IE 6]>
<![endif]-->
Hast du das so in deiner CSS-Datei stehen?
Ja, hat er ("ich habe diesen code in einer seperaten css-datei, die ich verlinkt habe").
HTML-Kommentare, einschließlich bedingter Anweisungen des IE, funktionieren in CSS-Dateien nicht. Lege den IE-CSS-Code in eine separate CSS-Datei und binde sie auf HTML-Seite folgendermaßen ein:
<!--[if lt IE 7]>
<link rel="stylesheet" href="ie.css">
<![endif]-->