Verstehe dein Problem irgendwie nicht richtig.
Du kannst in der von AJAX aufgerufen Datei jedes Skript ja mit PHP include einbinden. Da ist auch Output möglich.
Was allerdings nicht geht: Webseite 1 --ajax--> PHP --> neue Webseite 2
Will sagen: Die Rückgabe von "PHP" kann nur in JS ausgewertet werden. Du kannst nicht die ganze Webseite 1 mit der Rückgabe ohne weiteres austauschen.
Vielleicht hilft dir ja auch ein JS Framework weiter.