Hello,
Bei meinem Anbieter läuft PHP als CGI, eine eigene php.ini ersetzt/ergänzt die Einstellungen aber nur. Lokal habe ich noch nicht versucht, dies nachzubilden, kann dazu also nichts sagen. Aber offenbar scheint es eine Möglichkeit zu geben, sonst würde der Hoster der OP diese Möglichkeit ja nicht anbieten. Vielleicht war dieser nur nicht gründlich genug und hat irgendeine Einstellung vergeigt.
Ich vermute, dass es speziell gepatchte/selbst kompilierte Versionen von PHP sind, die dort im Einsatz sind. So kann der Provider festlegen, welche Dirketiven "final" sind und welche vom User überschreiben werden dürfen.
http://www.php.net/manual/en/configuration.php gibt mMn jedenfalls keine Auskunft zum stufenweisen Verhalten bei der Initialisierung.
Liebe Grüße aus Syburg bei Dortmund
Tom vom Berg