Also nach langem suchen habe ich die Antwort warum der Datenexport von mehr 3500 Einträgen kommentarlos abbricht.
Dazu habe ich folgendes bei 1&1 gefunden:
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Limits bei CGI-Scripte
Scripte unterliegen aus Performancegründen diversen Beschränkungen. Der nachfolgende Artikel erläutert die Limits von CGI-Scripten bei unseren Webhosting-Tarifen unter Linux
Rechenzeitbeschränkungen
Es gelten folgende Rechenzeitbeschränkungen:
Paket Maximale Rechenzeit
Power* und Premium* 6 Sekunden
Profi* 12 Sekunden
WebStart 15 Sekunden
WebPlus 18 Sekunden
WebExpert 20 Sekunden
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Das Dokument ist veraltet und passt nicht mehr auf die Tarife, aber es deckt sich mit der von mir gemessen Zeiten.
Der Export der Daten wird einfach nach 15 Sekunden abgebrochen egal ob der Export durch ist oder nicht.
Gepaart mit den langen Antwortzeiten der Datenbank reichen die 15 Sek. nicht. Daran kann ich leider nichts ändern.