Ich hab mittler Weile ein Lösung gefunden/gesagt bekommen:
man gibt dem Fenster, welches das Popup öffnet, per
window.name="ABC";
einen Namen. Wenn man im Popup ist und die Seite, die das Popup geöffnet hat, neu laden möchte, dann kann man das (ohne das Object opener) so:
newWin = window.open(neueURL, "ABC");
dadurch wird das erste Fenster angesprochen und die neueURL geladen, falls es nicht mehr existieren sollte, dann wird ein neues Fenster mit meiner neueURL geöffnet.