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Mahlzeit,
wie komme ich also aus diesem Dilemma raus?
Ich rate jetzt mal, Confixx oder Plesk.
Da existiert ein Verzeichnis, indem du einen Link ablegen kannst zu dem Programm, das du ausführen willst.
Dieses Verzeichnis wird per open_basedir() beschränkt und daher ist dieses für den Webserver praktisch das Root.
Genaueres sagt die phpinfo()