Mit obigem DocType klappt dies nicht mehr. :-(
Ja, weil das body-Element, auf das sich die Tabellenhöhe bezieht, nicht mehr automatisch so hoch ist wie der Viewport (das html-Element). Wenn du beiden eien Höhe von 100% gibst, sollten auch die Prozentwerte deiner Layouttabelle entsprechend klappen.
html, body { margin:0; padding:0; height:100%; }
Mathias