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In CSS gibt es ja die opacity möglichkeit, aber da kann man ja nur eine feste Zahl bzw. transparenz eingeben.
Nutze eine JavaScript-Pseudo-Schleife (sprich http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/window.htm#set_timeout@title=setTimeout()). Ggf kannst du dir auch das Fader Framework von Felix Riesterer ansehen.