Hallo
Falls das für dieses Problem noch ausschlaggebend sein könnte: Der Div Bereich wurde absolut positioniert und beginnt nicht ganz oben am Browserfenster sondern hat zu diesem in etwa einen Abstand von 300px.
Wenn die 100% die von <html> und <body> ererbte Viewporthöhe ist, ist das Verhalten klar. 100%+300px sind nunmal mehr als 100%, da beißt die Maus keinen Faden ab. Auch lösen margin(-top, -bottom) und padding(-top, -bottom) bei 100% Höhe Scrollbalken aus, da sie zur Höhe hinzuaddiert werden.
Tschö, Auge