Ich denke nicht, dass das an putty liegt. Mit putty greifst du nur auf den rottserver zu. Da ist wohl irgendwas falsch konfiguirt.
Und die Sache mit putty und deinem Filezilla sind ja auch zwei verschiedene paar Schuhe!
Leg doch mal mit deinem Bentzer gina im ftp-dienst einen neuen Benutzer an, und versuche dich dann mit diesem via FTP einzulogen.
Hast du denn kein Admintool (ispcomega, plesk, confixx, etc..) mit dem du diese einfachen Dinge administrieren kannst?
Was für ein System läuft auf dem Root? Ubuntu?
greetz