Du könntest auch mal folgendes testen
setheader.php
<?php if (strtolower(substr($_SERVER['SCRIPT_NAME'], -4)) == '.css') header('Content-Type: text/css');
.htaccess
AddType application/x-httpd-php .css
php_value auto_prepend_file "setheader.php"
Wobei du bei setheader.php den kompletten Pfad angeben solltest.
Ich weiß allerdings nicht unter welchen Umständen jetzt die Directive php_value angewendet wird, bei meinem TestServer geht es jedenfalls einwandfrei.