Virus - Externe Festplatte anschließen

[Deus Figendi]

Ich gehe mal vom Schlimmsten aus (dass sich der Virus auch auf den Stick verbreiten wird). Das ist ja kein großes Problem (Virenscanner->fertig) solange der sich nicht irgendwie in den Autorun einnisten kann.

Autorun kann man abschalten.
Also man kann defakto deaktivieren, dass Windows den Autorun von USB-Massenspeichern aufruft. Ich muss gestehen dass ich aus dem Kopf nicht weiß wie... Ich vermute aber mal im Windows-Explorer irgendwo unter den "Ordneroptionen".

Aber da du ja ein bisschen paranoid bist* (sorry) schlage ich vor du machst den Viren-Scan einfach mit einem Linux.
Ich wüsste nicht dass es Viren gäbe die plattformübergreifend arbeiten (mag es geben, aber ich habe noch nie davon gehört, daher halte ich es mal für unwahrscheinlich dass das ausgerechnet so einer sein soll).
Also du besorgst dir einfach ein Linux, entweder eine Live-Distribution oder - da du den Rechner ja eh neu bespielen willst - eine zum Installieren. Vielleicht sogar eine auf Sicherheits-Kram spezialisierte. Hauptsage CalmAV ist drauf oder verfügbar.
Dann machst du den Stick sauber und installierst deinem Kumpel nen Desktop-Linux :-D
Nee war nur Spaß, wenn er Windows haben will soll er's haben :)

Kurzfassung für Lesefaule:
Viren-Bereinigung des Sticks ist mit Linux vermutlich ungefährlich.

*ein bisschen paranoid, weil du wegen eines Schadprogrammes gleich das ganze System neu aufsetzt. Wenn es nicht gerade ein RootKit ist (und da gibt es reinstallations-resistente) sollte ein normaler Virenscan es doch auch tun :)
Aber okay, wenn dein Kumpel mit einer Radikal-Kur klar kommt kann man das natürlich auch machen.