... wenn sie wichtig genug sind, lege ich nach der Installation Hand an und verschiebe den ganzen Rotz dahin, wo ich ihn haben will (plus Anpassung der Konfigurationsdateien, versteht sich).
Das muß man aber erst mal können und bei Programmen die einen schon den Installationsort nicht wählen lassen, sind auch eher selten vernünftige Konfigurationsdateien vorhanden.