Javascript-Datei laden und aktivieren

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Nein. Jedes nachgeladene Script feuert den Onload, wenn es fertig geladen ist, unabhängig davon, ob die von ihm angestoßenen asynchronen Prozesse, z.B. das Nachladen weiterer Scripte, schon fertig sind.

Ja, aber entweder habe ich das Problem generell, ich weiß nach Einbinden des "Haupt"-Scriptes nicht, wann sind alle dynamisch nachgeladenen Scripte geladen und ich kann mit meinem Code darauf zugreifen, oder ich muss das sowieso schon beachten und somit Callbacks angeben.
Wenn ich dann allerdings das "Haupt"-Script asynchron lade und in dessen Callback (Haupt"-Script-geladen) meine Callbacks der wiederum durch das "Haupt"-Script asynchron geladenen Scripte registriere (also der code der vorher direkt nach dem "Haupt"-Script folgte einfach ins Callback des "Haupt"-Scriptes verschoben) sollte das genau so funktionieren wie vorher, nur asynchron verzögert.
Dann stößt man das asynchrone Nachladen der Scripte also selbst an, da fällt mir aber kein Grund ein, warum ich das nicht wieder in einem asynchronen Aufruf(Callback) selbst machen könnte.