Das kannst du mit Conditional-Comments so hinbiegen.
Irgendwas mache ich falsch, aber was, jetzt wird nämlich gar nix mehr geladen:
im head:
<!--[if !IE]>
<link href="http://veganesberlin.de/navires2.css" type="text/css" rel="stylesheet" media="screen"/>
<link href="http://veganesberlin.de/dist/css/bootstrap.css" rel="stylesheet">
<![endif]-->
<!--[if lt IE 9]>
<link href="http://veganesberlin.de/navires2ie.css" type="text/css" rel="stylesheet" media="screen" />
<link href="http://veganesberlin.de/dist/css/bootstrapie.css" rel="stylesheet">
<![endif]-->
im body:
<!--[if !IE]>
<script type="text/javascript" src="http://veganesberlin.de/scripts.js"></script>
<script type="text/javascript" src="http://veganesberlin.de/jquery.eqheight.js"></script>
<![endif]-->
<!--[if lt IE 9]>
<script type="text/javascript" src="http://veganesberlin.de/scriptsie.js"></script>
<![endif]-->