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Hakuna matata!
Auf example.com wird gearbeitet, beispiel.de ist der backup-Server, der sich - von Hand angestoßen - Dateien und neue Datenbank-Zeilen von example.com holt. Dazu wird per Browser auf beispiel.de ein PHP Programm gestartet. Es "unterhält" sich also mit seinem Partner-PHP-Programme auf beispiel.de, die beiden vergleichen Daten und example.com sendet Zeilen, die beispiel.de noch nicht hat (inkrementelle Sicherung (schnell)). Ausserdem wird bei beispiel.de auch gelöscht, was example.com nicht (mehr) hat.
Hast du dir dabei auch Gedanken über die Integrität der Daten gemacht? Werden zum Beispiel auch die aktuellen Zählstände von Autoincrement-Schlüsseln synchronisert? Sind die einzelnen Insert- und Delete-Operationen überhaupt atomar?
Hast du mal in Erwägung gezogen, die Synchronisierung von MySQL selbst machen zu lassen, statt über einen PHP-Mittelsmann? Stichwort Replikation.
“All right, then, I'll go to hell.” – Huck Finn
Auge