Hallo Marko,
an welcher Stelle wird denn die Datei mit setcookie() included?
Hast Du Fehlermeldungen unterdrückt? Hast Du schon mal die Fehlermeldungen explizit abgefragt nach dem Cookiesetzen?
Könnte sein, dass die Headers schon geschlossen waren, als Du den setcookie()-Befehl aufgerufen hast.
Grüße
Tom