Hallo Achim,
hier im Forum wurde schon einigemale über Probleme des IEs mit Tabellen mit rowspan oder colspan berichtet. Ich hatte auch mal dieses Problem. Eine Abhilfe ist mir nicht bekannt. Das beste wäre, du verzichtest auf die Layout-Tabelle und nimmst statt dessen css-formatierte und -positionierte Elemente.
Gruß, Jürgen
PS Vieleicht hilft es, dem TD im unteren TR eine Höhe zu geben.