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starte mittels exec die wunschanwendung und übergib die parameter - je nach anwendung übergibt man parameter zb mit "anwendung.exe /paremeter" oder "anwendung.exe -parameter" - das musst du wissen
umgekehert lässt du deine anwendung einfach php über die kommandozeile ausführen - etwa so: "php.exe foo.php?parameter=bar"